民政部和李嘉诚基金会为保证“重生行动”项目的顺利执行，专门成立了由民政部窦玉沛副部长任组长的项目领导小组，负责项目的组织领导和指挥协调。领导小组在民政部社会福利和社会事务司下设了办公室，名称为“重生行动项目办公室——民政部与李嘉诚基金会合作”，负责日常工作。

“重生行动”项目办公室在民政部社会福利中心挂牌，具体实施资助患者的计划及各项相关的财务及工作规定，督促地方民政和项目承办医院执行计划以实现捐款的最大效益，协调质量和效益评估，进行社会宣传。

项目办公室的具体职责包括：制定项目管理规定、实施方案和实施计划；开发项目实施程序，制作全国统一的操作手册；组织宣传工作，督促计划的落实；组建财务审计组、医疗专家组和项目评估专家组，明确其工作任务，制定相关制度，组织交流培训；建立维护信息管理系统；指导、协调各省项目执行机构的工作；定时向领导小组汇报项目进展，撰写相关报告。